La bóveda de la Capilla Mayor de esta iglesia fue diseñada por el arquitecto y maestro de la catedral de Granada Diego de Siloé y construida por el cantero Francisco del Castillo el Viejo en el año 1546. Es esta bóveda de medio cañón y realizada en piedra de cantería, con decoración de casetones. En los motivos decorativos de estos casetones se alternan con rosetas, bustos de guerreros, damas con vestimentas clásicas y numerosos "Putti" en diversas posiciones, aparece también el tema de la venera y calaveras aladas.
Pues bien entre estos casetones hay dos tragaluces que daban luz al Altar Mayor, conectados al exterior por unas ventanas situadas al norte y al sur respectivamente de la cabecera de la nave central de la iglesia, hoy día están cegados y sustituidos por dos casetones de madera.
